Este es un caso clásico.
Aquí lo importante es definir cómo quieres que quede tu realidad:
¿Necesitas conciliar cada venta individualmente?
¿O te basta con conciliar el cobro agrupado y llevar el detalle por otro lado (TPV, Shopify, etc.)?
Buenas prácticas:
Si el TPV agrupa, normalmente no es realista conciliar “uno a uno” si haces volumen.
Lo habitual es crear una convención: agrupar por día/turno y conciliar contra un documento/registro que represente esa liquidación.
Y si tienes comisiones del TPV, separarlas como gasto te puede ayudar a que los importes encajen y tus márgenes sean reales.